Началась история Большого театра кукол в маленьком домике у Поклонной горы, где в один прекрасный день пятеро друзей - три актера: Н.К. Комина, А.А. Гак, А.Н. Гумилева, художник В.Ф. Комин и музыкант М.Г. Аптекарь, влюбленные в волшебное искусство театра кукол, решили создать свой театр. Их приютил Дом коммунистического воспитания детей Смольнинского района на пр. Володарского (ныне Литейном пр. 49), и 16 мая 1931 года пьесой "Инкубатор" театр открыл свой первый сезон.

С 1932 – 1948 гг. во главе театра – выпускник Школы русской драмы, ученик В.Э. Мейерхольда, театральный рецензент и режиссер Савелий Наумович Шапиро. С его приходом «начался» профессиональный театр.

В репертуаре театра – постановки, посвященные современной тематике, инсценировки русской и зарубежной классики, классика отечественного детского театра. Наиболее значительные работы С. Н. Шапиро: «Каштанка» А. Чехова (1935, 1945гг.), «Бевронский луг» Р. Роллана (1937г.), «Аладин и волшебная лампа» Н. Гернет (1940г.), «Аленький цветочек» С. Аксакова (1945г.).

Театр рос, объединял вокруг себя талантливых людей, набирал силу. В 1939 г. он уже носит название "Второй ленинградский театр кукол" и получает статус государственного театра, а в 1940 г. - стационар на улице Некрасова, 10.

Война явилась тяжелым испытанием для всех. Театр разделил участь ленинградцев. На грузовике, кузов которого сколотили своими силами, коллектив театра через Ладогу увез своих кукол и оставшихся в живых актеров в Сибирь. Они выступали с представлениями для детей, сатирическими спектаклями для взрослых. Играли в ангарах аэродромов, на кораблях, в госпиталях и на заводах. Дважды они побывали в блокированном Ленинграде, под обстрелом, на катере, добирались до Кронштадта, выступали перед моряками.

Одним из первых театр возвратился из эвакуации в Ленинград. Первый послевоенный сезон открылся "Аленьким цветочком". В это время театр - сложившийся творческий коллектив с четкой эстетической программой и высокопрофессиональной труппой. Имена ведущих актеров Большого театра кукол (наименование «Ленинградский государственный Большой театр кукол» получено в 1955-м году) - Ильи Альперовича, Валерии Киселевой, Владимира Кукушкина, позднее - братьев Александра и Владимира Корзаковых войдут в историю российского театра кукол. Эпоха С.Н. Шапиро (он скончался в 1948 г.) завершилась поэтическим спектаклем, помнящимся его первым зрителям и ныне - "Сказанием о Лебединце-городе".

С 1949 – 1963 гг. после кончины С. Н. Шапиро театр возглавил з.д.и. России Михаил Михайлович Королев. Наиболее известные работы М. М. Королева (детский репертуар): «Сказка о царе Салтане» и «Руслан и Людмила» А. Пушкина (1949, 1952гг.), «Горящие паруса» Л. Браусевича (1950г.), «Иван – крестьянский сын» Б. Сударушкина (1950г.), «Дикие лебеди» и «Дюймовочка» Г.-Х. Андерсена (1952, 1947гг.), «Конек-горбунок» П. Ершова (1955г.).

С 1954 г. театр имеет репертуар для взрослых. 1-й спектакль для взрослых – «1002-ая ночь» Н. Гернет и К. Шнейдер.

1957 и 1961 г. – Впервые в России и на кукольной сцене инсценирована проза И.Ильфа и Е.Петрова «12 стульев» и «Золотой теленок». Спектакли удостоены Дипломов 1-й степени отечественных фестивалей театров кукол; бронзовой медали «За куклы» на Всемирной выставке в Брюсселе (1958 г.).

1958 г. Спектакль «Прелестная Галатея» Б. Гадора и С. Дарваша выдержал более тысячи представлений. В том же году (1959) М. М. Королевым впервые в отечественном театре при Ленинградском Государственном институте Театра, Музыки и Кинематографии была создана кафедра театра кукол, которую он и возглавлял в течение 30 лет, воспитав целую плеяду талантливых и высокопрофессиональных режиссеров и актеров-кукольников.

Блестящие художники разделили успех С.Н. Шапиро и М.М. Королева на многих отечественных и международных фестивалях. Это з.д.и. России Иван Коротков, художники Наталья Константиновская и Наталья Хомякова, з.д.и России Валентина Малахиева.

С 1965 по 1986 театр возглавил Виктор Борисович Сударушкин. С именем этого режиссера связаны крупные достижения театра. Он был самый молодой художественный руководитель в Союзе, как тогда говорили. Ему было 28 лет. Режиссер драмы по образованию, но кукольник от Бога, народный артист России, лауреат Гос. премии России, заслуженный деятель искусств России, президент российского Центра УНИМА, засл. деятель культуры Польши, Виктор Сударушкин показал свои спектакли в 18 странах мира и городах бывшего Союза, получил самые высокие награды на российских и международных фестивалях театров кукол. Его необычайный успех разделили с ним профессионалы высочайшего класса - художники - з.д.и. России Владимир Ховралев, Валентина Ховралева, Валентина Малахиева, Дмитрий Афанасьев, художник Леонора Боровенкова, актеры старшего поколения - нар. арт. России Илья Альперович, Валерия Киселева, Владимир Кукушкин, з. а. России братья Александр и Владимир Корзаковы, засл. арт. России Любовь Донскова и Владимир Мартьянов, артисты Эдуард Драпкин, Алексей Цуканов, Надежда Карева, Нина Тарновская.

Наиболее значительные работы В. Б. Сударушкина:

Детский репертуар:
«Слоненок» (1964 г, 1974 г.) Р.Киплинга, «Неизвестный с хвостом» С.Прокофьевой (1967 г.), «Мальчиш-Кибальчиш» А.Гайдара (1967 г.), «Сказка про Емелю» Б. и В. Сударушкиных(1971 г.).

Репертуар для взрослых:
«Несусветная комедия» Тита Макция Плавта (1968 г.), Музыкальное ревю «Варьете» У Лукоморья» (1984 г.), «Похождения бравого солдата Швейка» Я. Гашека (1973 г.), «Любовь, любовь…» по «Декамерону» Боккаччо (1977 г.), «Клоп» В. Маяковского (1979 г.), «До третьих петухов» В. Шукшина (1-ая постановка в России, 1976 г.), «Иностранец в Риме» М. Зощенко (1983 г.), «Петербургская фантазия» по Н. Гоголю и Ф. Достоевскому (1982 г.).

1981 г. театр награжден орденом «Знак почета» за заслуги в развитии искусства театра кукол и в связи с 50-летием.

В период с 1986 по 1992 гг. после кончины В.Б.Сударушкина театр возглавляли Владимир Анатольевич Маслов, з.д.и. России, Лауреат Гос. премии России, н.а. России, Академик Российского телевидения А. Белинский, В. Богач, приглашались известные режиссеры-кукольники – В. Штейн, Р. Виндерман, В. Бирюков. На афишах театра имена М. Зощенко, Ф. Дюрренматта, Н. Гоголя, Т. Ружевича, Д. Биссета, Б. Шергина и др. Александр Белинский был единственным режиссером после В. Сударушкина, который возобновил в Большом театре кукол репертуар для взрослых.

С 1993 по 2004 гг. театр возглавляла з.д.и. России Алла Александровна Полухина, ученица крупнейшего мастера русского театра Георгия Александровича Товстоногова. А. А. Полухиной поставлены многие спектакли по детской классике, в том числе: «Лисенок, который не хотел быть хитрым» Я. Экхольма, «Синяя птица» М. Метерлинка, «Соловей» Г.-Х. Андерсена, «Три поросенка» С. Михалкова и др. К сожалению, репертуар для взрослых был в эти годы утрачен, хотя в 1995 г. была попытка возобновить его спектаклем «Непорочный марьяж» («Белый брак») по пьесе Т. Ружевича в постановке Олега Жюгжды.

С апреля 2006 года главный режиссер театра – Руслан Равилевич Кудашов, лауреат высшей Санкт-Петербургской театральной премии «Золотой софит» и национальной премии «Золотая маска». Профессиональный актер и режиссер театра кукол, создатель и художественный руководитель театра «Потудань», Р. Кудашов широко известен своими постановками не только в России. 25 октября 2005 г. в Большом театре кукол состоялась премьера спектакля «Вий» в постановке Р. Кудашова (по повести Н. Гоголя). Этим спектаклем театр восстановил традицию БТК иметь на своей сцене репертуар для взрослых. За несколько лет театр побывал на гастролях в разных странах, а его постановки были отмечены множеством наград.

В том же 2006 году Большой театр кукол и Санкт-Петербургская Государственная академия театрального искусства объявили о создании курса-студии для обучения по специальности «артист театра кукол». Мастерская главного режиссера существует уже 5-ый год. За это время курс выпустил 6 спектаклей: пластические фантазии «Человеческий детеныш», экспериментальная работа «Шекспир-лаборатория», рождественские вертепы «В Рождество все немного волхвы…», антиутопию Е. Замятина «МЫ», концерт военных песен «Минуты жизни» и драматическую постановку «Кафе…». Все они обогащают взрослый репертуар театра.

Кроме студенческих спектаклей, репертуар для взрослых постепенно пополняется новыми постановками Р. Кудашова («Холстомер» по повести Л.Н. Толстого) и других известных петербургских режиссеров: в 2007 г. Г. И. Бызгу выпустила «Тойбеле и ее демон» (по рассказу И. Б. Зингера, в переводе Саши Крайтон), в 2010 г. состоится премьера Я.М. Туминой «100 оттенков синего» по пьесе Н. Денисовой.

Детский репертуар также обрел множеством новых названий: в постановке главного режиссера - «Маленький принц» по сказке А. де Сент-Экзюпери (перевод Н.Галь), «Щелкунчик, или рождественские сны и видения Мари Штальбаум» по сказке Э.Т.А.Гофмана, «Большое путешествие маленькой Елочки" (фантазия по сказке Г.-Х.Андерсена "Ель"); «Сказка для непослушных медвежат» (пьеса К.Черкасской и А.Князькова по сказке В.Белова) режиссер - А.Князьков и др.

В настоящее время в театре 22 спектакля для детей и 9 спектаклей для взрослых.

Театр возглавляет директор Александр Аркадьевич Калинин.